Permanente magneter Oprethold deres magnetiske egenskaber over tid på grund af deres unikke atomstruktur og tilpasningen af deres magnetiske domæner. I modsætning til midlertidige magneter, der kun udviser magnetiske egenskaber, når et eksternt magnetfelt påføres, bevarer permanente magneter deres magnetisme på ubestemt tid under normale forhold. Sådan opnår de dette:
Kernen i en permanent magnet er dens atomstruktur. I materialer, der bruges til at skabe permanente magneter, såsom neodym, samarium-kobolt eller ferrit, er elektronerne i atomerne på linje på en sådan måde, at deres magnetiske øjeblikke (de små magnetiske felter genereret af hver elektron) kombineres for at skabe et storskala magnetisk felt. Denne justering er kritisk, fordi det giver materialet et nettomagnetisk øjeblik, der producerer det eksterne magnetfelt, der kendetegner en permanent magnet.
Denne justering af magnetiske øjeblikke sker i det, der er kendt som "magnetiske domæner", som er små regioner, hvor de magnetiske øjeblikke af atomerne alle peger i samme retning. Når disse domæner er på linje i samme retning i hele materialet, udviser hele magneten et stærkt og stabilt magnetfelt. Nøglen til en permanent magnets levetid er, at når disse domæner er justeret under magnetiseringsprocessen, forbliver de på plads. Materialets interne struktur og styrken af de magnetiske bindinger mellem atomerne hjælper med at låse disse domæner på plads.
De magnetiske egenskaber ved permanente magneter påvirkes også af materialets modstand mod demagnetisering. I permanente magneter af høj kvalitet er materialets krystalstruktur og sammensætning designet til at modstå eksterne påvirkninger, der kan få de magnetiske domæner til at justere. For eksempel, selvom magneten udsættes for eksterne magnetiske felter, fysisk chok eller høje temperaturer, er disse magneter konstrueret til at opretholde deres magnetisering i lange perioder.